1. 保 健 食 品 研究會:
以促進海峽兩岸中華保健食品之學術文化和加工技術之研究發展為宗 旨。其任務如下:
(1) 促進海峽兩岸研究保健食品的團體或個人之互訪､聯誼與合作。
(2) 舉辦有關保健食品的專題演講､學術研討､技術講習等活動。
(3) 成立保健食品研究開發小組, 商議產品研究開發方向, 並籌劃共同執行中大型研究計劃。

2. 醫 學 交 流 委員會:
以促進海峽兩岸中西醫整合與交流為宗旨。其任務如下:
(1) 推動中西醫整合政策, 與醫學､醫療交流事宜。
(2) 推動中西醫整合研究, 並舉辦或協辦學術研討會。
(3) 推動中西醫臨床診治, 並進行兩岸雙向交流。

3. 農 業 交 流 委員會:
以促進海峽兩岸農業科技之學術文化交流與研究發展為宗旨。其任務如下:
(1) 促進海峽兩岸研究農業科技的團體或個人之互訪､聯誼與合作。
(2) 舉辦有關農業科技的專題演講､學術研討､技術講習等活動。
(3) 收集大陸農學院資料進行交流, 並籌劃共同執行中大型研究計劃。
(4) 舉辦農業大專高級學生赴大陸交流服務。

4. 藝術文化交流委員會:
以促進海峽兩岸文化､藝術交流與研究發展為宗旨。其任務如下:
(1) 促進海峽兩岸研究文化､藝術的團體或個人之互訪､聯誼與合作。
(2) 爭取有關單位贊助, 舉辦兩岸有關文化､藝術的觀摩演出, 專題演講, 學術研討, 技術講習, 作品製作､出版及展覽等活動。

5. 教 育 發 展 委員會:
以促進海峽兩岸教育學術文化之交流研究發展為宗旨。其任務如下:
(1) 加強兩岸教育文化交流與合作, 以共謀兩岸教育文化水準之提高及發展。
(2) 與大陸地區師範大學舉辦教育學術會議, 共同研討學校教育之經營及家庭, 社會, 學校各方面如何配合等研究工作。
(3) 搜集國內外有關教育文化之資訊及研究論文, 以供各界人士之參考。
(4) 舉辦兩岸中小學教師學生之交流及參觀訪問, 增進瞭解, 建立共識, 作為教師教學與學生未來參與現代化社會生活之預備和參考。

6. 中國地理研究委員會:
以厚植中國區域及整體發展地理基礎及其應用研究為宗旨。其任務如下:
(1) 推動中國地理研究。
(2) 結合大陸及台灣地區有關學者研究中國地理專題。
(3) 以國際性､區域性學術會議形式促進台灣海峽兩岸雙邊及多邊學術交流。
(4) 與大陸大學及研究所地理及相關學者建立溝通管道, 交換資料及人員。
(5) 促進大陸及台灣地區人民對彼此地理環境及區域發展條件之了解。

7. 宗教文化交流委員會:
以促進海峽兩岸宗教文化交流，提升心靈成長為宗旨。其任務如下:
(1) 促進海峽兩岸有關宗教之團體或個人互訪、聯誼與合作。
(2) 舉辦生活禪修與活動，以建立樂觀積極之人生態度。
(3) 提供有關心靈問題之建議與咨詢服務。

8. 公 共 關 係 委員會:
以促進本會與海峽兩岸各界之公共關係為宗旨。其任務如下:
(1) 協助本協會及各委員會發展公共關係, 達成任務。
(2) 仲介兩岸對口組職之交流與合作。
(3) 提供公共關係諮詢服務。
(4) 舉辦有關公共關係之專題演講, 學術研討等活動。

9. 兩岸經貿交流委員會
以促進海峽兩岸工商組職､管理、經貿､產銷之學術､技術､資訊與人員之交流、合作及研究發展為宗旨。其任務如下:
(1) 促進海峽兩岸有關工商經貿之團體或個人互訪､聯誼與合作。
(2) 仲介兩岸工商組職之交流與合作, 以發揮海峽兩岸各自優勢, 發展市場經濟, 振興商業經濟。
(3) 搜集大陸商務情報及相關法規, 提供經貿信息諮詢服務。
(4) 建立兩岸經貿研究資料檔案。
(5) 建立兩岸經貿學術人才檔案。
(6) 舉辦或與大陸工商組職合辦有關工商管理及兩岸經貿之演講會、座談會､展覽會､研討會及產銷技術講座等活動。

10. 工程科技交流委員會:
以促進海峽兩岸工程科技交流與研究發展為宗旨。其任務如下:
(1) 促進海峽兩岸有關工程科技之團體或個人互訪､聯誼與合作。
(2) 舉辦有關工程科學與技術的專題演講, 學術研討, 科技研究, 講習, 參觀訪問, 出版與展覽等活動。

11. 會 員 福 利 委員會:
(1) 爭取本會特約商店, 優惠本會會員。
(2) 爭取各機關團體及基金會資助本會舉辦活動。
(3) 協助會員推動海峽兩岸交流。
(4) 辦理會員福利事項。
(5) 舉辦聯誼活動。

12. 水土保持交流委員會
以促進海峽兩岸水土保持學術交流及研究發展為宗旨。其任務如下:
(1) 促進海峽兩岸研究水土保持科技之相關團體或個人互訪､聯誼與合作等工作。
(2) 舉辦有關水土保持科技之專題演講、學術研討及技術講習等活動。
(3) 設立海峽兩岸水土保持學術交流聯絡中心。
(4) 建立資料庫及電腦聯線, 研究報告及學術論文之編審刊印等。
(5) 互培研究生及學者講學研究, 並籌劃共同執行研究計劃及異地研究。
(6) 提供學術性建議與咨詢服務。

13. 兩岸藥學交流委員會
以促進海峽兩岸藥學研究、發展之交流整合為宗旨。其任務如下 :
(1) 促進兩岸藥學相關研究之交流。
(2) 促進兩岸藥學未來發展方向之整合。
(3) 促進兩岸藥學相關產業之交流。
(4) 促進兩岸藥學相關政策法規之溝通與交流。
(5) 促進兩岸藥學相關實務之實質交流、聯誼與合作。

14. 大陸政策研究規劃委員會
(1) 規劃設計並開展兩岸各項學術文化交流活動。
(2) 視兩岸關係與大陸政策之演進及運作, 選擇眾所關注之重大課題, 邀請相關領域學有專精之學者專家舉辦座談會。
(3) 向政府與民間有關單位申請經費籌辦中型研討會, 發表論文與評論。
(4) 組團赴大陸進行學術參觀訪問。
(5) 邀請大陸研究台灣學者來台舉行座談會及參訪交流。

15. 兩岸婦女委員會
以宏揚中華文化、提升生活內涵、推動婦女交流、共創雙贏榮局為宗旨。 其任務如下 :
(1) 促進海峽兩岸婦女相關團體或個人互訪､聯誼與合作等工作。
(2) 舉辦有關生活文化暨婦女問題之各項活動。
(3) 設立海峽兩岸婦女交流聯絡中心。
(4) 建立資料庫及電腦聯線, 研究報告及學術論文之編審刊印等。
(5) 互培研究生及學者講學研究, 並籌劃共同執行研究計劃及異地研究。
(6) 提供有關生活文化暨婦女問題之建議與咨詢服務。

16. 兩岸學生交流委員會
以促進海峽兩岸學生交流為宗旨。其任務如下:
(1) 舉辦兩岸學生之交流及參觀訪問活動, 促進海峽兩岸學生相關團體 或個人互訪､聯誼與合作。
(2) 爭取有關單位贊助, 舉辦兩岸有關學生之各項活動。
(3) 設立海峽兩岸學生交流聯絡中心。
(4) 提供有關學生問題之建議與咨詢服務。